زیستا بیوتک
پروفایل کاربری
دوره جامع آنالیز داده‌های ترانسکریپتوم از دیتابیس TCGA
دوره‌های تخصصی

دوره جامع آنالیز داده‌های ترانسکریپتوم از دیتابیس TCGA

در این دوره، شما با روش‌های استخراج، آنالیز و تفسیر داده‌های بیان ژن (Transcriptome) از پایگاه داده‌ی معتبر TCGA (The Cancer Genome Atlas) آشنا می‌شوید.
برخلاف دوره‌های کلاسیک NGS که بر روی داده‌های خام اولیه حاصل از توالی یابی کار می‌کند، این دوره نیازی به کار با داده‌های خام (FASTQ) ندارد و تمرکز اصلی بر تحلیل داده‌های از پیش آنالیز شده، کشف تفاوت‌های بیانی و تفسیر نتایج در زمینه سرطان‌شناسی(Cancer Genomics) است.

اطلس ژنوم سرطان (TCGA) یکی از بزرگ‌ترین منابع داده‌های مولکولی مربوط به سرطان است. در این دوره آموزشی تخصصی، شما با آنالیز داده‌های بیان ژن (mRNA و miRNA) از دیتابیس TCGA به‌صورت گام‌به‌گام و عملی آشنا خواهید شد. با استفاده از ابزارهای قدرتمند زبان R و پکیج‌هایی مانند TCGAbiolinks، edgeR، limma و biomaRt، خواهید آموخت چگونه داده‌ها را در ابتدا از GDC(پورتال دریافت داده‌های TCGA) دریافت کنید، آنها را پردازش کنید، نرمال‌سازی کنید، و درنهایت فیلتر و تحلیل کنید.

این دوره به‌ویژه برای پژوهشگرانی طراحی شده است که با زبان برنامه نویسی R آشنا هستند و به دنبال تحلیل‌های پیشرفته روی داده‌های ترنسکریپتوم و اطلاعات بالینی کنسر ژنومیکس هستند.

*** تمام دوره‌های آموزشی زیستا بیوتک دارای پشتیبانی و منتورینگ فعال هستند، به صورتی که شما می‌توانید سوالات مرتبط خود را با اساتید دوره آموزشی مطرح کنید. جهت عضویت در کانال منتورینگ، در بخش ارتباط با ما، به پشتیبانی تلگرام زیستا بیوتک پیام ارسال کنید ***

پیشنهاد زیستا بیوتک به شما شرکت در 3 دوره‌ی (زبان برنامه نویسی R)، (تحلیل داده‌هاي ترانسكريپتوم TCGA) و (تحليل داده هاي جهش TCGA) بصورت منسجم و بدنبال هم می‌باشد. زیرا با دنبال کردن این 3 دوره آموزشی شما به تسلط مناسبی در زبان برنامه نویسی R و کاربرد آن در جهت استخراج و انالیز داده‌هاي زيستي از ديتابيس هاي مربوطه خواهيد رسيد.

برای ترتیب مشاهده دوره‌ها نیز توصیه می‌شود حتما در ابتدا دوره R را مطالعه کنید(پیش نیاز دوره‌های ترانسکریپتوم و جهش)، سپس به خوبی می‌توانید از دوره‌های بررسی بیان ژن و جهش بهره‌مند شوید .

مدرس: خانم مهسا احسانی فرد

  • کارشناس ارشد ژنتیک
  • آنالیزور داده های زیست پزشکی سرطان
  • مشاور پژوهشی پایان نامه ها و پروژه های دانشجویی در زمینه ی سیستم بیولوژی
  • مشاور طراحی workflow و pipeline پژوهشی
  • فریلنسر در زمینه ی زیست پزشکی محاسباتی
  • مدرس برنامه نویسی R و زیست شناسی سامانه ای

حتما بخش توضیحات تکمیلی را به دقت مطالعه نمائید.

کد محصول: وجود ندارد

ویژگی‌های محصول

  • پیش نیاز دوره: آشنایی با زبان R - درک پایه‌ای از زیست شناسی مولکولی
  • پلتفرم ارائه: اسپات پلیر(spotplayer)
  • توضیحات نصب اسپات پلیر: نرم افزار اسپات پلیر را با توجه به نوع سیستم عامل خود می‌توانید از طریق لینک‌هایی که در پروفایل کاربری خود مشاهده می‌کنید دانلود نمائید.
    • توجه: پس از خرید دوره، لایسنس در پروفایل کاربری شما ایجاد می‌شود و فقط کافی است لایسنس را در قسمت مربوطه در نرم افزار اسپات پلیر وارد کنید. حتما توجه داشته باشید که فقط در یک دستگاه می‌توانید لایسنس را وارد نمائید. در غیر اینصورت لایسنس باطل می‌شود.

امتیاز کاربران

بدون دیدگاه

محصول در دسترس نیست

تومان1.500.000

ناموجود

توضیحات توضیحات تکمیلی ویدیوی محصول

توضیحات

سرفصل‌های آموزشی دوره

1. آشنایی با TCGA و GDC Portal

  • معرفی پروژه TCGA و ساختار داده‌ها

  • انواع سمپل‌ها، بارکدها و ساختار فایل‌ها

  • استفاده از Bioconductor و محیط R

2. دریافت داده و آماده‌سازی اولیه

  • معرفی پکیج TCGAbiolinks و دستورات کلیدی

  • جستجو، فیلتر و دانلود داده‌های بیان ژن

  • دسته‌بندی و گروه‌بندی نمونه‌ها

3. پیش‌پردازش، نرمال‌سازی و فیلتراسیون داده‌ها

  • استفاده از edgeR و limma برای نرمال‌سازی

  • مرتب‌سازی بارکدها و طراحی گروه‌ها

  • فیلتر کردن داده‌ها با روش‌های مختلف

4. تحلیل DEG (ژن‌های با بیان متفاوت)

  • استخراج DEG با edgeR و limma

  • تحلیل DEG با TCGAbiolinks

  • تفسیر جداول و نمودارهای خروجی

5. آنالیز miRNA و ارتباط آن با mRNA

  • دانلود و تحلیل داده‌های miRNA از TCGA

  • مقایسه miRNA و mRNA با آزمون cor.test

  • تفسیر بیولوژیکی تفاوت‌ها

6. داده‌های بالینی و تفسیر آن‌ها

  • دریافت و پردازش Clinical Data

  • ارتباط دادن داده‌های بیان با مشخصات بیمار

  • تحلیل داده‌های بقا و پیش‌آگهی

7. انوتیشن ژنی و شناسایی ID ژن‌ها

  • استفاده از پکیج‌های org.Hs.eg.db و biomaRt

  • تبدیل Ensembl ID به Gene Symbol و بالعکس

 

 اهمیت و کاربرد‌های دوره

  • تحلیل پزشکی شخصی‌سازی‌شده (Precision Medicine): شناسایی پروفایل بیان ژن تومورها برای درمان هدفمند بیماران.

  • کشف بیومارکرها: تحلیل داده‌های بقا، ارتباط جهش‌ها با بیان ژن و کشف نشانگرهای تشخیصی.

  • تحلیل پیشرفته ژن‌ها و مسیرها: بررسی تفاوت بیان ژن‌ها، pathway analysis و هدف‌گذاری دارویی.

  • توسعه دارو و استراتژی درمانی: طراحی درمان‌های جدید با تکیه بر الگوهای بیان ژن در انواع سرطان‌ها.

 

ابزارهای مورد استفاده

  •  TCGAbiolinks

  •  edgeR, limma

  •  org.Hs.eg.db, biomaRt

  •  GDC Query Tools

  •  داده‌های بالینی TCGA

 

 مخاطبان این دوره

  • دانشجویان ژنتیک، بیوانفورماتیک، آمار زیستی و تمام گرایش‌های علوم بیولوژی

  • پژوهشگرانی که بر روی سرطان، بیومارکرها یا پزشکی دقیق کار می‌کنند

  • محققانی که به تحلیل داده‌های بیان ژن علاقه‌مند هستند

  • افرادی که می‌خواهند از داده‌های واقعی برای پروژه خود استفاده کنند

توضیحات تکمیلی

پیش نیاز دوره

آشنایی با زبان R – درک پایه‌ای از زیست شناسی مولکولی
پلتفرم ارائه

اسپات پلیر(spotplayer)
توضیحات نصب اسپات پلیر

نرم افزار اسپات پلیر را با توجه به نوع سیستم عامل خود می‌توانید از طریق لینک‌هایی که در پروفایل کاربری خود مشاهده می‌کنید دانلود نمائید.
توجه

پس از خرید دوره، لایسنس در پروفایل کاربری شما ایجاد می‌شود و فقط کافی است لایسنس را در قسمت مربوطه در نرم افزار اسپات پلیر وارد کنید.
حتما توجه داشته باشید که فقط در یک دستگاه می‌توانید لایسنس را وارد نمائید. در غیر اینصورت لایسنس باطل می‌شود.